多数动物感染乙脑病毒后不发病，但马的发病率很高，甚至比人的发病率高10倍以上。我国和日本均发生过乙脑病毒引起的马脑炎流行，但马的病毒血症比较少见，不足以感染吸血的蚊子。因此，马作为乙脑传染源的机会很少。
猪感染病毒后不会出现脑炎症状，病毒主要侵犯猪的生殖系统。母猪表现为流产和死胎，公猪表现为睾丸炎，只有在子宫内感染的猪胚胎如果存活并出生，小猪才会出现抽搐等神经系统症状。但是猪的乙脑病毒感染率高，血中带病毒时间长且病毒含量高，因此猪是乙脑的主要传染源。日本一些地区就是通过对猪的饲养进行管理，将养猪场与村庄分开，并改善猪舍卫生，才地控制了乙脑流行。
