抗菌药物主要是指抗生素和合成抗菌药。抗菌药物能干扰病原微生物细胞壁的合成，损伤菌体的细胞膜，影响菌体的蛋白质合成及核酸合成。
一、合理应用抗菌药物
合理应用抗菌药物是在明确指征的情况下选用适宜的药物，采用适宜的剂量和疗程，达到致病微生物和控制感染的目的。应用抗菌药物的同时应采取相应措施，增强畜禽免疫力，防止发生不良反应。
二、明确用药指征
1.正确的诊断是合理应用抗菌药的前提
当畜禽发生疾病时应进行病原学检验、分离和鉴定病原菌后，有条件的必须进行药敏实验，并保留细菌标本供进行血清杀菌活力（SBA）实验。在药敏试验结果未知晓前或临床诊断相对明确的，可先进行试验性治疗。
2.选用药物应综合考虑
选用药物应结合药物的抗菌活性、药动学（吸收、分布、代谢、排泄、半衰期、生物利用度等）、药效学、不良反应、药源、价值与效益等加以综合考虑。无条件进行药敏试验的应选用本场或本地区不常用的药物，这样可以为临床用药提供经验。
3.合理的剂量和疗程
抗微生物药物的药效有赖于药品在畜禽体内的血药浓度。
用药前要根据药物在畜禽体内的半衰期确定用药剂量和疗程。给药剂量应恰到好处，剂量过小起不到治疗作用，易使细菌产生抗药性；剂量过大，不仅造成浪费，还可能引起严重的毒副反应。药物的抑菌浓度（MIC）可作为衡量浓度的粗略指标。对危重病例常采用剂量加倍的方法进行治疗。
4.注意用药疗程
病原体在畜禽体内的生长繁殖有一个过程，药物需要一定的时间，这段时间即为疗程。疗程过短，病原菌的生长繁殖只能被暂时抑制，一旦停药，受抑的病原体又会重新生长繁殖，其后果是疾病复发或转为慢性。药物连续使用时间必须在一个疗程以上。不可用药1~2次就停药或急于调换药物品种。长期使用单一抗菌药不但浪费，还可能导致耐药菌株产生及引起毒副反应。
5.正确确定给药途径
常用给药方法：拌料、饮水、注射及气雾给药等。
给药途径应根据药物的特性、剂型、患畜畜种、病情及病畜禽的食欲和饮水状况而定。
选好给药途径可起到事半功倍的效果。如治疗呼吸道感染应用新霉素、链霉素时应采用气雾给药，因为这两种药物内服吸收效果差。肠道感染，则必须采用内服给药。同一种药物给药途径不同，会产生大相径庭的效果。同类药物给药途径不同，其效果也不一样，以青霉素类药物中的青霉素G和阿莫西林为例，青霉素G是从青霉菌培养液中提取的，在水中不稳定，极易被β-内酰胺酶和胃酸水解破坏，所以不应该混饮、混饲；阿莫西林为半合成制品，具有耐酸的优点，其内服效果良好。
采用饮水给药要考虑药物的溶解度和畜禽的饮水量，确保畜禽吃到足量的药物。拌料给药时，应按递增混合法将药物与饲料充分混匀，尤其是范围小、剂量较小的药物更应混匀，以免动物采食药量过小起不到防治作用或因进食药量过大而中毒。
对严重感染病例多采用注射法给药，对零星散养的家畜，注射给药疗效更为可靠。肌注药物时要注意药物的黏稠度，黏度大的药物，抽取的液量应适当超过规定的剂量，且注射的速度要慢一些。
三、联合用药，避免配伍禁忌
1.联合用药
联合用药是指同时或短期内先后应用两种或两种以上的药物。
联合用药其目的在于增强药物疗效，减少、消除不良反应或防止细菌产生耐药性或分别治疗不同的症状与并发症。
对混合感染或不能进行细菌学诊断的病例，联合用药可扩大抗菌范围。滥用抗菌药可能造成的不良后果，增加不良反应的发生率，导致二次重感染、耐药菌株增多。
2.配伍禁忌
配伍禁忌是指用两种以上药物治疗患病畜禽时可能存在的药理作用相反的拮抗作用，或一种药物减低另一种药物药效，或一种药物增加另外一种药物毒性，或两种药物同时应用时发生化学变化，成为第三种物质的现象。
不合理配伍造成的药效、疾病不能得到控制的事件时有发生，联合用药应注意配伍禁忌。
要合理用药及配伍。从业人员首先应加强药学知识的学习，用药水平；其次，应结合临床需要，及时应用新药，并做好临床用药咨询；再其次，严把处方审查关，对有配伍禁忌和不合理的用药处方要退回并及时纠正。
四、杜绝滥用药物，严防耐药性产生
耐药性是微生物对抗微生物药物的相对抗性。
耐药性产生机制较复杂，主要有以下方面：产生药物失活酶，药物靶位发生改变，建立靶旁路系统，改变代谢途径，膜通透性等。
细菌产生耐药的危害是使人类致病，同时延误治疗或造成治疗失败。
五、提倡使用中草药和动物专用抗菌药
中草药是天然药物，毒副作用相对较少。
有部文号的中草药制剂（包括中草药提取物）可供选用。动物专用药，如杆菌肽锌、盐霉素、黄霉素等是畜禽专用药物，畜禽使用这些药物不会或不易对人体构成影响。
中草药具有保健、增强机体免疫力的作用，可用中兽药代替抗生素和合成药物。
六、遵守休药期，防止药物残留
动物食品残留的抗菌药被人食入后，可产生直接毒性，会对人体肠道菌群产生影响。
动物食品残留的抗菌药会破坏肠道菌群的屏障作用，造成肠道菌群的代谢活性、细菌数目和相对比例改变，其中严重的是增加耐药菌和破坏肠道菌群的定植抗力医学。
为保障人民的身体健康和促进外贸出口，应严格控制兽药在畜禽体内的残留。对可吸收的抗菌药物应规定停（休）药期。养殖场应遵守宰前停药的规定，停药期内，患病急宰的动物不得食用。
药物按规定剂量、规定药方使用，按休药期规定停药，其在动物机体内的残存量是低于残留限量的。只要有足够的停药期，随着药物不断从动物体内排出，其肉品中的药物残留量是不会超标的。
