副猪嗜血杆菌病的诊断主要有临床诊断和聚合酶链式反应（ＰＣＲ）诊断技术：
1临床诊断
首先，病猪侧卧，腹式呼吸极其微弱，不仔细观察很难看出有呼吸动作，因副猪嗜血杆菌病可导致心脏衰竭，多在深夜死亡，所以经常在早晨发现死猪。
其次，多发性纤维素渗出性浆膜炎，在所有脏器浆膜表面均有白色纤维素性渗出物，尤其“绒毛心”可作为特征性诊断。
第三，胸腔、腹腔、心包内多有大量浑浊积液。第四，关节不一定肿胀，多为整条腿肿胀，剖开可见皮下水肿，个别猪关节囊内渗出严重，有时刺破关节囊，囊内液体可喷射而出。
2聚合酶链式反应（ＰＣＲ）诊断技术
疾病诊断通常建立在畜群病史调查,临床症状和尸体解剖的基础上细菌的分离培养对确诊是必要的,但往往不能成功,这是因为副猪嗜血杆菌十分娇嫩,相对于标本中同时可能出现的其它细菌,难以满足其生长需要。据报道采用回归分析法分析,副猪嗜血杆菌真实的发病率可能为实际确诊的１０倍之多,部分原因是由于不能确认采集来的标本中是否存在副猪嗜血杆菌。研究人员不仅要对有严重临床症状和损伤的猪进行尸体剖检,还要对处于疾病急性期的猪在应用抗菌素之前采集病料进行细菌的分离鉴定,细菌分离培养选择浆膜表面物质或渗出的脑脊髓液及心脏血液,即使损伤轻微或不也要这样做。尽管常规诊断有些困难,但在加有抗菌素的选择培养基上接种以后,用特殊的稀释技术可成功地在从呼吸道采集来的标本中培养出大量细菌。现在华中大学动物病毒室已建立了副猪嗜血杆菌的聚合酶链式反应（ＰＣＲ）诊断技术,可对该病作出迅速的诊断。
用生物化学的检测方法可将副猪嗜血杆菌从其经ＮＡＤ或Ｖ因子依赖的微生物中鉴别开来。有时其它的ＮＡＤ依赖的细菌类（Ｌ类嗜血杆菌,猪放线菌、吲哚放线菌）会被误认为嗜血杆菌。这些细菌在鼻窦,扁桃体或肺脏中大量存在,但只有较低的致病力。
在一个猪群中出现副猪嗜血杆菌的几个菌株或血清型并非少见,甚至在单个猪上的不同标本中也可发现不同的菌株或血清型。在血清学的诊断方面,主要通过琼脂扩散试验、补体结合试验和间接血凝试验等。
鉴别诊断要将副猪嗜血杆菌与败血性细菌感染相区别，能引起败血性感染的细菌有链球菌、猪丹毒杆菌、猪放线杆菌、猪霍乱沙门氏菌、胸膜肺炎放线杆菌以及埃希氏大肠杆菌等。另外,３－１０周龄猪的支原体多发性浆膜炎和关节炎能出现与副猪嗜血杆菌感染相似的损伤。只有鉴别区分这些疾病之后,才能认清副猪嗜血杆菌在支气管肺炎中的作用,利于后确诊。
