棉仁饼粕作为动物饲料的不利因素是其中含有毒素——游离棉酚，若过量饲喂易引起动物中毒，其中以猪和家禽对此毒素尤为敏感。据研究，当棉仁饼粕中游离棉酚的含量在0．02％时无毒性，在0．02％～0．05％时有轻微的毒性，而高于0．15％时则具有强毒性。因此，在饲粮中需严格控制棉仁饼粕的用量。
棉籽饼用做家畜饲料的另一个问题是有效赖氨酸含量低，棉仁的赖氨酸含量平均为1．83％，其有效率为95％--99％，但加工成饼后有效率降为68．4％，原因是棉酚和还原糖与氨基酸发生了Maillard反应，因此如果保护氨基酸，就必须阻断此反应。
棉籽饼的饲用价值一般比豆饼低，其蛋白质含量为豆饼的79．6％，可消化粗蛋白(猪)是豆饼的73．6％，消化能(猪)是豆饼的83．2％。尽管如此，对棉籽饼进行适当处理(如添赖氨酸)仍然可有效提高饲养价值。
(1)鸡棉籽饼粕对鸡的饲用价值主要取决于游离棉酚和粗纤维的含量。含壳多的棉籽因能值低，在肉鸡饲料中避免使用。
游离棉酚含量在0.05%以下的棉仁粕，在肉鸡、生长鸡日粮中可以占10%，产蛋鸡可占日粮的5%-15%。未经脱毒的土榨饼，日粮中用量不得超过5%。
虽然家禽对棉酚有耐受性(≤200mg/kg)，但不影响生长的添加量可能引起蛋的变色。若要避免蛋黄在贮存期间变色，则应限制在50mg/kg以下。国家规定：肉鸡、生长鸡料<100mg/kg；产蛋鸡料<20mg/kg。
亚铁盐的添加可增加鸡对棉酚的耐受性，添加后蛋黄变色的耐受量从50mg/kg可提高到150mg/kg。肉鸡从150mg/kg提高至400mg/kg。
(2)猪品质优良的棉仁饼粕是猪的良好蛋白质饲料，可取代猪饲料中50%的大豆饼粕而无不良影响，但要注意补充赖氨酸、钙及胡萝卜素等。
猪对游离棉酚的耐受量为100mg/kg，超过此量则抑制生长，并可能引起中毒死亡。所以，游离棉酚在0.05%以下的棉仁饼粕，在育肥猪饲料中可用到10%-20%，母猪可用到5%-10%。游离棉酚含量超过0.05%的棉仁饼粕，需谨慎使用。
国家规定：生长猪料棉酚<60mg/kg。
与鸡一样，棉酚的毒性可通过添加亚铁盐而降低。但有试验表明，硫酸亚铁与赖氨酸同时加入饲料中，会形成两种以上的复杂化合物而降低饲用效果，甚至无效。
最好的办法是控制添加量，一般以不超过饲粮5%为度。
(3)反刍家畜棉仁饼粕是反刍动物最好的蛋白质补充料之一，其中的游离棉酚对于牛、羊的毒性较低。用棉籽（仁）饼粕饲喂反刍家畜，由于瘤胃微生物的发酵作用，能使棉酚在解毒后再进入真胃，一般不存在中毒问题。因此，在成年反刍动物的日粮中棉仁饼粕的用量以不超过20％为宜；但对于3～4月龄以前的犊牛则不宜饲喂棉仁饼粕。
奶牛饲料中适当使用可提高乳脂率，但用量超过蛋白饲料的50%会影响适口性，而且使乳脂变硬。一般占奶牛精料的10%-15%。
奶牛在泌乳高峰阶段可以添加占饲粮干物质10%-15%的全棉籽，以提高饲粮能量浓度。
喂犊牛时，用量以占精料的10%以下为宜，并要配合含胡萝卜素高的优质粗饲料。
育肥期肉牛棉籽饼可以作为全部蛋白质饲料，但应供给优质粗饲料，并注意补充胡萝卜素和钙。
种公牛日粮中宜慎用棉籽饼粕。
