在泥鳅养殖过程中，必须要坚持“预防为主，防治结合，无病先防，有病早治”的基本原则，同时，在泥鳅防病治病过程中要注意以下科学用药原则：
1、正确诊断，对症下药
正确诊断泥鳅病情，是合理用药的先决条件。选用药物要有明确的临床特症，因为某些疾病虽然外观病症基本相同，但却不一定是由同一种病原所引起的疾病，在此情况下凭经验用药可能会导致用药无效的结果。
2、正确选择用药时间与疗程
通常情况下，当日泥鳅死亡数量达0.25～0.5公斤/2～2.5亩以上时，就应进行用药治疗。用药时间一般常选择在晴天上午11时前（一般为9:00-11:00）或下午3时后（一般为15:00-17:00）用药，因为这一时间段的药物生效快、药效强、毒副作用小，阴雨天及一天中的高温及低温时间段最好不用药，因为极端天气条件下，用药会影响用药效果及安全性，甚至可能会产生药害等现象。
3、了解养殖环境，合理确定用药物量
用药量正确与否，是决定疗效的关键之一。药量少，达不到防治目的；药量多，容易导致泥鳅中毒或产生药害，因此，必须在了解泥鳅养殖环境的基础上，正确地测量泥鳅池塘面积和水深，计算出全池需要的药量或比较准确地估算出池塘放养泥鳅的数量和体重，计算所投喂药饵的量，这样才可安全有效地发挥药物的作用。
4、了解药物性能，选择有效的给药方法
在泥鳅出售前，要严格执行休药期制度。
5、轮换施药，注意避免耐药性
在泥鳅养殖过程中预防用药时，切不可长期使用抗生素作为防病药物，因为在用药量不足以杀灭或抑制病原体时反而会导致病原体产生耐药性。在选择药物给泥鳅治疗时时，还要注意药物的轮换使用，多次使用同一种药物，会导致病原菌的耐药性问题。
