腹泻、圆环、蓝耳是目前业内公认的危害养猪业三大疫病。但中国工程院院士、华中农业大学农业微生物学国家重点实验室主任陈焕春，在近期举办的全国规模化猪场疫病监控与净化专题研讨会上指出，养殖户防控疾病重心不宜过于集中在这三类病毒性疫病，而忽视了对细菌性疾病防控，大量的实验检测证明细菌性疾病危 害不亚于病毒病，且无论是细菌病还是病毒病，呈多种病原混合感染越来越普遍，危害猪群健康。
陈焕春介绍，因猪场缺乏配套合理的免疫程序与疫病预警机制，缺乏管理兽医理念、执行力不强导致猪群长期带毒，基础免疫力低下；新病毒不断增多，病原变异加快，毒力增强；免疫抑制病威胁逐渐加剧等威胁，且“细菌、病毒、细菌—病毒—寄生虫”之间多种病原混合感染越来越普遍。
据了解，2011年度华中农业大学动物传染病实验室共接诊2405家规模化猪场送检9028份临床病料，病猪和18215份血样。其中圆环、蓝耳病、猪瘟、轮状、细小、流感、流行性腹泻等病毒流行依然严重；链球菌、副猪嗜血杆菌是主要细菌性疾病，胸膜肺炎、巴氏杆菌对肥猪的威胁有抬头趋势。详细分析到各阶段猪群携带相关病毒的差异性，去年对121头母猪病样和1108份母猪血清检测得知，母猪带毒率较低，主要携带圆环病毒为19.2%，变异蓝耳病毒 14.6%；产房仔猪圆环病毒为35.3%，变异蓝耳病毒为36.2%，经典蓝耳病毒为20.3%，猪瘟为7.7%，伪狂犬病毒为8.0%；育肥猪圆环病毒为44.8%，变异蓝耳病毒为24.2%，经典蓝耳病毒为11.6%。
不过陈焕春认为，与病毒性疾病相比，细菌性疾病更为复杂，危害更大；尤其是细菌性疾病混合感染不容忽视，在猪群发病致死中扮演着重要角色，致病菌对各阶段猪群的致死性作用，各菌群血清型差异较大。且长期以来养猪业过分依赖药物，全程滥用抗生素保健、治疗，导致细菌耐药性日趁严重，出现致病菌耐药谱广，部分细菌病甚至已无药可治，引发公共卫生问题备受关注。
据了解，陈焕春及其带领专家团队通过实验室调查统计表明，2003-2011年共分离鉴定细菌10817株，其中链球菌4274株(39.51%)、副猪嗜血杆菌3088株(28.55%)、肠外致病性大肠杆菌1213(11.21%)、巴氏杆菌652株(6.03%)，这几种细菌已经成为影响国内养猪生产的主要病原菌，另外胸膜肺炎、沙门氏菌等常见病原菌也严重威胁规模化养殖业的健康生产。
陈焕春强调，养殖户应该重视细菌性疾病防控，如果细菌性疾病控制好，即使有蓝耳圆环等病毒性疾病，猪场疾病也相应较容易控制。具体到链球菌和副猪嗜血杆菌这两类主要细菌性疫病时，陈焕春介绍目前主要是以注射疫苗防控为主，不过要针对细菌血清型不同用对疫苗。据该实验室临床分离猪链球菌的血清定型情况看，2型链球菌所占比例为57%，属于已分离出型链球菌中的优势血清型；7型和9型链球菌，所占比例为19.2%和18.8%。
副猪嗜血杆菌的血清型则最为复杂，各个血清型之间免疫交叉保护力很低。不同地方分离的相同血清型的菌株毒力与抗原性也可能不完全相同，具有地方特异性不同区域有不同的表现，其中湖北以4、13、5型为主，占62.41%比例；浙江以5型为主占40.25%，其次为4型占25.97%；河南以4、13型为主，其中4型占28.81%。
