姬松茸有抗杂菌的能力，一般情况下不受杂菌的侵害，关键是要十分注意通风换气，勿使菇房内或畦床面长期过湿。杂菌和病虫害一般在覆土前后发现，刚出现时可用喷灯灼烧。
姬松茸栽培过程中常见的病虫害有：
蛞蝓：
用6%密达颗粒剂2次防治效果可达93.6%；用70%WP百螺杀20G/亩2次防治效果可达87.4%。
螨虫：
培养料巴氏消毒处理能有效地控制杂菌发生，堆料时拌入三氯杀蟥醇，或床面上喷洒菊东合酯，严重时用磷化铝熏蒸处理。
线虫：
培养料经巴氏消毒处理能有效地杀灭线虫，轻度时采用杀中心双乳（50倍）或马拉松乳剂（500倍）喷洒料面，严重时用磷化铝熏蒸菇房。
菇蚊：
用菊合酯（1000倍）或敌杀死（1000倍）喷洒。
菇蝇：
用2.5EC氯氰菊脂3000倍3次防治效果可达84—90.3%。
鬼伞菌：
培养料成熟度要好，游离氨多时要用甲醛处理后再上床，如果床面已出现鬼伞应立即拔除干净，待气温下降后自行消失。
胡桃肉状菌：
用50%WP施保功2000倍1次防治效果可达76.0%。
疣孢霉病：
要求培养料在菇房内二次发酵，通蒸汽进行巴氏消毒（60℃情况下保持6－10小时）处理，覆土用50％福尔马林（2KG/M2土）消毒，覆土后调水时用高效杀菌剂或多菌灵均匀喷洒床面和周围环境。发病时应立即停止喷水，加大通风，降低菇房温度和湿度，挖掉病菇、菌丝块和覆土，换上新土，在发病部位均匀喷洒上述农药，使用浓度同上或加倍。严重时菇房用福尔马林（10ML/M）或气雾消毒盒（2－4G/M）熏蒸1小时，通风2－3天，待床面干燥后再喷药。
