鳄龟养殖在国内迅速发展，而养殖的发展必须要保证苗种的稳定供给。拥有一套完整稳定的孵化设备，是鳄龟繁殖取得成功的保证，人工饲养的小鳄龟18个月或长到1公斤以上即开始产卵。鳄龟的繁殖方式与其他龟一样为卵生。一只成熟的母龟年产卵30～120枚，雌雄的比例为5:1。
1、孵化设备
（1）孵化箱
可用食品周转箱、木箱、泡沫箱等代替，箱高10厘米以上，鳄龟卵铺1层，卵放在沙的中间，卵下沙厚3厘米，卵周沙层3厘米，卵上盖沙4厘米，卵间距1厘米左右，为便于通气，底层沙用1/2粗沙，1/2细沙，细沙的粒径0.6毫米，沙子预先用高锰酸钾20毫克/升泼洒在沙中，一层层翻动消毒并晒干备用。孵化介质改用海绵代替沙也是可行的。
（2）孵化控温设备
采用获得国家专利的自动加温控温装置（ZL 95239104.X），可靠实用，该设备功率、温度可调，全自动运行，不需专人看管。
（3）孵化室
利用住房内一角搭建，也可专门建造。关键是采用保温材料，做到孵化室内上、下、四周墙体都要安放保温材料，室内设置孵化架，孵化箱放置在架上，架层之间隔开一定距离，便于洒水保湿。另一种做法是将孵化箱直接放在地面上，再在孵化箱上四角放置砖块，在砖块上放置第二层孵化箱，就这样一层层向上叠放。还有一种方法是更为直接地在孵化室地面上铺1层沙，在沙中相应铺1层卵，在沙床的一边设置1条水槽，以便稚龟孵出后自动爬进水槽中。此外，采用专用孵化大箱，箱内再层层放置孵化小箱，箱内采用控温设备和小型风扇，是一种模拟金钱龟的孵化方法。
2、龟卵采集
在夜间产卵后的第二天上午9时以后，一般下午采集。新采的鳄龟卵要在孵化箱中做好记号并另有记载。采集箱可直接用孵化箱，在箱中预先铺沙10厘米左右厚度，将鳄龟卵轻取轻放，具白色受精斑的一端即动物极朝上放，动物极与植物极分界明显为正常受精卵，如分界不明晰，且受精斑呈点状分布，此卵为受精不足，看不到受精斑点的为未受精卵。经验表明，鳄龟卵表面粘沙的为未受精卵，表面光滑不沾沙的为受精卵。为什么鳄龟卵要轻放，因为鳄龟卵没有蛋白系膜，操作不慎会影响孵化。
3、孵化
温度、湿度、通气是鳄龟孵化的三要素，也是所有龟鳖孵化的永恒主题。鳄龟的孵化需恒温控制在32℃，约60天左右，稚龟就会孵出，沙温与空气温度不一致，一般控制沙温32℃，空气温度35℃左右。湿度控制包括绝对湿度和相对湿度，绝对湿度指沙中含水量要求8％左右，以手捏成团、放开即散为准，孵化室中空气的相对湿度，用湿度计可测，保持鳄龟需要的85％相对湿度主要方法是采取人工不定期洒水，在孵化前期，洒水可以适当多一些，后期洒水尽量少一些，保持一定的干燥，以防受精卵中的成形稚龟受到过多水的刺激而早产。况且，过多的洒水不利于受精卵的呼吸和通气。
4、稚龟暂养
稚龟孵出后的1～2周内属于暂养期，刚孵出的稚龟卵黄囊约2天后逐渐吸收完毕，进入人工暂养过程。稚龟开口饲料可选蛋黄、猪肝、红虫、专用配合饲料。暂养容器可用塑料盆，密度每平方米100只左右。注意水不能太深，宜2～3厘米，以盖没龟背为限，过深的水位可能因稚龟刚出壳游泳能力不强，容易造成淹死。因水位浅，水质容易变坏，要勤换水，容器小，每天换水1～2次，如果在较大的专用池暂养，一般每48小时换水1次。
