鳄龟与其他动植物以及微生物的关系主要表现为营养关系，彼此相互依存、相互制约。鳄龟捕食其他生物，其他生物也同时捕食或寄生鳄龟而成为鳄龟的敌害。
（一）种内关系
1.集群自然界或是在饲养池中，经常可观察到鳄龟集群取食、集群“晒背”“群住”和繁殖季节的“一夫多妻”现象。集群对于鳄龟的野生群体顺利完成生命周期的各个环节以及防御敌害起着重要作用。工厂化鳄龟养殖环境同样存在着集群现象。
2.残食与争斗鳄龟的种内关系另一方面为食物关系。在有限的水体中，由于鳄龟的密度较大，食物匾乏、水质恶化或人工养殖条件下的分选、捕捞、噪声等环境压力，常使鳄龟相互撕咬残食，即使刚孵出的稚鳄龟也有此习性。因此，及时分养、降低放养密度是防止相互残食的有效措施。
在生殖季节，雌雄比例不适当是鳄龟繁殖争斗的主要原因。在自然界里，鳄龟的雌雄比例为1：1 ，交配期为争取交配权，雄鳄龟间往往激烈争斗，引起咬伤甚至死亡。因此，人工养殖亲鳄龟雌雄比一般以（2-3 ) : 1 为宜。
（二）与其他生物的关系
鳄龟与其他动植物以及微生物的关系主要表现为营养关系，彼此相互依存、相互制约。鳄龟捕食其他生物，其他生物也同时捕食或寄生鳄龟而成为鳄龟的敌害。
1.食物关系浮游动物、水生维管束植物、底栖动物、水生昆虫、甲壳类、鱼类都直接或间接地成为鳄龟的饵料。稚鳄龟以水搔、水丝绷、摇蚊幼虫、蝇蛆等为食物，幼鳄龟、成鳄龟则以螺、蚌、虾、鱼以及动物尸体及内脏等动物性饲料为食。当动物性饲料缺乏时，鳄龟也会摄食瓜类、谷类、水生植物，甚至残食同类。了解鳄龟在自然界的食物关系，要求在工厂化养殖条件下，应尽量做到食物品种的多样性，确保鳄龟的营养需求，以利于鳄龟的快速生长，避免同类残食。
2.敌害、寄生关系鳄龟的敌害主要有鼠、鸟类、蛇类等，它们多危害鳄龟卵及稚、幼鳄龟。细菌、真菌以及原生动物的累枝虫，环节动物的蛙类，节肢动物的蜡类及扁形动物的吸虫等也常成为鳄龟的病原体，它们寄生于鳄龟体，引起各种疾病，对稚、幼鳄龟的危害更为严重，在工厂化养殖条件下，要随时注意加强清除敌害，更要定期杀灭寄生生物，确保鳄龟养殖生产的顺利进行。
