鳄龟卵的人工孵化方法有室外简易孵化池孵化、室内常温孵化、室内控温孵化等。作为工厂化养殖，其养殖规模大，鳄龟卵的孵化必然是走集约化、规模化孵化之路，因此通常鳄龟卵均采用室内控温孵化。
1 ．收卵前的准备在鳄龟产卵季节，每天应轮流开放一半产卵场。由于当天产的卵胚胎还未完全集中，过早搬动不仅影响胚胎发育，也不易区分卵是否受精。因此，通常产卵后隔一天再将卵收集起来进行孵化，这就容易造成在同一产卵场上埋有两批卵，一批是隔日产的卵，当天要收卵；另一批是当天产的卵，当天要在卵堆边作好标记。为提高工作效率，防止混淆损坏鳄龟卵，可将产卵场编号后，先将单号产卵场用竹箔围起，阻止亲鳄龟人内产卵，而开放双号产卵场使其进人产卵。翌晨只需对双号产卵场检查产卵窝数，作好标记，然后关闭双号产卵场，以供第二天收卵使用。与此同时，再开放单号产卵场，供第二天产卵用。如此循环往复，可大大提高工作效率。
收卵前应事先准备好收卵箱（45 厘米*45 厘米*8 厘米），收卵箱兼孵化箱，箱底与四周均有滤水孔。孵化用的黄砂必须选用河砂，而不能选用海砂或粉砂。海砂由于粒径大，不能用于孵化；粉砂含泥很高，通气条件差，在同样的条件下，用河砂的孵化率比用粉砂高1 倍。黄砂必须选用粒径0.5-0.6 毫米的中砂，其通气性能好，而且能长期保持适当的湿度。选取好的河砂必须消毒处理。通常用百万分之二十的漂白粉溶液将黄砂和孵化箱等用具消毒。也可将黄砂用清水充分清洗后，铺在水泥地上让阳光曝晒数日后备用。
收卵前先在箱底铺一层厚达3 厘米的中砂，含水量为7 ％-8 % ，并用“打孔板”（木板上钉有50-60 根圆木柱，直径为18 毫米，其顶端钝圆，形状与试管相似）在砂盘上打100-120 个凹窝。将孵化箱带至产卵场备用。
2 ．查卵在鳄龟产卵季节，每天清晨在露水未干前仔细检查产卵场，以确定产卵场内亲鳄龟是否产卵以及每窝鳄龟卵的位置。卵穴位置的确定一是看砂纹。产卵场砂盘上原有的有规律性的砂纹被破坏，顺着鳄龟的脚印寻找，可发现砂土被翻过的痕迹。二是看产卵场内的黄砂是否有凸起。一般产卵穴上的黄砂稍比周围高一些，而且凸起四周有鳄龟爪拨动砂子掩埋鳄龟卵的痕迹，其凸起顶部较光滑平坦，这是雌鳄龟产卵后用腹甲磨光、压平砂堆的痕迹。发现产卵穴后，由于此时胚胎尚未固定，很难分清动物极与植物极，而且过早搬动也影响胚胎发育，因此只需用竹签在产卵穴上做好标记，待第二天清晨开始收卵。
3 ．收卵通常用毛竹片（长约50 厘米，宽1 . 5 厘米，厚0.3 厘米）作为挖穴拨砂工具。收卵时，根据查卵时所插的标记，依次将洞口覆盖的黄砂用竹片和手细心地扒开，将隔日产的卵取出。取出的卵先检查是否受精，然后将受精卵整齐地排放在孵化箱内砂盘的凹窝内。通常卵与卵之间的距离为1 厘米，每排可放10-12 枚卵，每层放10 排，再铺上2 厘米厚的中砂，其上可再放一层卵，然后再铺上3 厘米的中砂，即可移入孵化室孵化。收卵时必须注意以下几点。
一是受精卵的壳顶有一白点（动物极），白点围边清晰圆滑，卵壳颜色鲜明，略显粉红色。不受精卵壳顶无白点或白点不明显或白点边缘模糊。
二是从产卵穴中取出的卵白点均向上，可直接放人孵化箱的砂盘的凹窝内，轻取轻放，切忌碰撞。放入凹窝内的卵白点必须向上，以保持与自然状态孵化的一致性。
三是产卵必须在每天的清晨进行。因鳄龟卵卵壳很薄，通气性较好。如中午或傍晚收卵，天气较干燥，卵暴露在空气中时间稍长，卵内水分容易蒸发，致使卵的一端形成气室。该气室呈圆形白色亮区，极易与受精卵的白点（动物极）混淆。就是在清晨收卵，孵化箱内每层卵放好后，应及时用含水量7%-8 ％的中砂覆盖，以防止卵内水分蒸发，影响鳄龟卵的孵化。
四是难以判定是否受精的鳄龟卵，应集中专门放一个孵化箱，模糊的白点向上，并用含水量7 ％-8％的中砂覆盖。此箱卵另放一处孵化，待48 小时后，再检查处理。
五是最好每只孵化箱放同一天产的卵，最多以2-3 天内产的卵为一批，以便正确统计孵化时间。根据卵的胚胎发育阶段采取相应的措施，有利于稚鳄龟同步出壳。六是及时做好现场记录。除记录当天的天气和日期外，还应记录产卵池号、窝号、卵的大小（可分大、中、小三档规格）、受精卵和未受精卵的数量以及放入孵化箱的箱号。
