切断传播途径和消灭传染源消毒工作是切断疫病传播途径、杀灭或清除存活在猪场内外环境及猪体表病原体的有效办法。消毒工作能减轻外界病原对猪群的压力，免疫工作中疫苗效力的充分发挥，需要以清洁卫生、消毒工作为基础，在存在口蹄疫强毒而且污染严重的猪场，即使是质量优良的口蹄疫浓缩疫苗，使用效果也不能得到充分发挥。
特别近年来疫情较复杂，口蹄疫病原多型易变，疫苗的效果有时不很理想，更应重视消毒工作。口蹄疫病毒属于非囊膜病毒，对外界环境因素和化学消毒药抵抗力很强，对酸性和醛类、卤素类消毒剂敏感。可使用复合醛类、碘制剂、氯制剂、过氧化物等消毒剂对栏舍、猪群、环境消毒。
生产上可应用“复合醛”等消毒液，按1：200～1000的比例稀释，对生活管理区、生产区猪舍内外环境，包括栏舍、场地和用具、器械、排水道、空气以及公猪、母猪、生长育成猪全身体表(寒冷天气除外)等方面的消毒，还应注意一些卫生死角，如装猪台、污水沟、储水池、食槽、保温箱等场所、设施的消毒。
消毒前必须先进行严格的清洗工作，才能达到较好效果。正常情况下，生产区环境每月大消毒一次，猪舍每周消毒1～2次、冬天封闭期和特殊情况每周消毒2～4次。猪场应实施“全进全出”的生产模式，在每批猪全部转出后，猪栏先经过严格清洗，再用高效的消毒剂进行严格消毒消毒后经空置净化5～7天，然后转入新的猪群。每年更换2～3种不同性质的消毒液，避免病毒对同类消毒剂产生耐药性而变得不敏感。
