鳄龟的摄食、生长、繁殖、发育、生存以及行为等许多方面，都直接受到水温和气温的影响，进而多方面间接影响鳄龟的活动，因此，水温和气温是鳄龟养殖极其重要的环境因子，是人工小环境调控的重要内容之一。
1.水温与摄食自然界野生鳄龟的摄食强度存在着明显的季节变化：夏秋季强烈摄食，冬春季摄食减少甚至停食。鳄龟摄食强度的季节性变化完全受水温的影响。鳄龟在水温18 ℃ 时开始摄食，随着水温逐步升高，摄食强度也逐渐增大，30 ℃ 时，摄食量最大，当水温超过30 ℃ 后，摄食量反而有所下降，34 ℃ 以上停止摄食，出现“伏暑”现象。在人工控温条件下，鳄龟的摄食强度无明显季节变化，可一直保持在较高的摄食水平。
2.水温与生长鳄龟是变温动物，它的生长与水温高低有着密切的关系，水温一方面影响鳄龟的饵料生物在自然界出现的时间和丰度，另一方面影响鳄龟的代谢强度。鳄龟的生长水温为20-33 ℃ ，最适水温为28-31 ℃ 。在20-30 ℃ 的适温范围，水温越高，对鳄龟的生活越有利。具体表现为随着温度的上升，鳄龟的摄食活动越活跃，代谢越旺盛，生长速度也越快。当水温超过42 ℃ 或低于-5 ℃ ，则会引起鳄龟的死亡。一年中，自然界大多数地区的水温对养殖鳄龟来说是偏低的，饵料生物大量出现的时间较短，因而鳄龟的肥育季节也很短暂，但生活在平均气温偏高地区水域中的鳄龟，体重增长就相应快些。水温对鳄龟饵料营养物质吸收转换效率的影响和对鳄龟摄食量的影响有相类似的规律，在一定温度范围内，随温度升高而升高，而鳄龟的生长快慢与鳄龟摄食量和对饵料物质的吸收转换效率呈直线相关。工厂化养殖鳄龟就是利用这一点，采用控温措施使鳄龟的摄食量和转换效率处于理想值，显著促进鳄龟的生长。从而在12 个月左右的时间内( 8-15 个月），使养殖鳄龟体重达到1-1. 5 千克的商品鳄龟规格，而这一体重在常温条件下一般需3-4 年才能达到。
当然，也必须注意到，在人工控温条件下，鳄龟因习惯于高温条件下摄食生活，其摄食的水温范围与野生鳄龟产生了差异，变得比较狭窄。有时室内水温变化1-2 ℃ ，即会明显地影响鳄龟对食物的摄食利用，导致1 ℃ 的温度差可使日增重率相差近1 倍，因此，保持水温的相对稳定，是工厂化养殖鳄龟日常管理最重要的工作之一。
3.气温、水温与繁殖年平均气温和水温的高低直接影响着鳄龟的性成熟时间，通常高温地区生长期长，鳄龟性成熟相应较早；低温地区生长期短，鳄龟性成熟也较晚。如在我国台湾省南部及海南岛，鳄龟一般2-3 年即可达到性成熟，华南地区需3-4 年，华中地区需4-5 年，华北、东北地区则需6 年或更长时间。工厂化养殖在人工控温条件下，保持池水温度在30 ℃ 左右，1-2 年即可使养殖鳄龟达到性成熟。
水温的变化还决定着鳄龟产卵活动的开始和终结时间。若春季水温回升提早或延后，则产卵期也相应变动。在长江流域，气温达到20 ℃ 以上，亲鳄龟苏醒后即开始发情交配，随着水温进一步上升，5 月中下旬开始产卵，7 月下旬后停止产卵。6 月是鳄龟产卵的旺季，此期间的产卵量一般占全年产卵总量的80 ％以上。
当鳄龟卵在陆地沙土中孵化时，沙土温度将直接决定着胚胎发育的进程。鳄龟卵在孵化过程中能够适应22-36 ℃ 的温度范围，最适温度是30 -32 ℃ ，低于22 ℃ 时胚胎发育停止，高于38 ℃ 时会致死胚胎。鳄龟卵在孵化过程中，对温度变化极为敏感，变动1 ℃ 就可显著地影响胚胎发育的速度。
鳄龟卵的孵化率与孵化时间也密切相关。在孵化适温范围内，孵化时间越长，孵化率越低。在自然条件下，因温度的波动范围较大，加上其他生态条件的剧烈变化，如砂土的含水量、粒度粗细等不稳定，致使鳄龟卵孵化率极低，仅30 ％左右。适宜的孵化温度是提高鳄龟卵孵化率，缩短胚胎发育时间的关键。工厂化鳄龟养殖场，利用孵化室采取人工控温、控湿及适时通风换气等技术措施，使鳄龟卵的孵化在理想的生态条件下进行，孵化率一般可达90 ％以上。
4.鳄龟对气温、水温变化的适应野生鳄龟对温度变化的适应力较强，属于广温性动物，能忍受的最低极限温度为-5 ℃ ，最高水温为42 ℃ ，但适宜的水温仅为20-33 ℃ 。每年从10 月至次年4 月，当水温降至15 ℃ 以下时，鳄龟即潜入水底进行“冬眠”，冬眠期间体重减轻10 ％-15 % ，冬眠是鳄龟对不良环境的一种保护性适应。在工厂化养殖鳄龟的人工加温池，鳄龟的冬眠习性被打破，可以不进行冬眠而正常的摄食生长。如果温度太高，鳄龟也怕热，当水温超过34 ℃ 时，鳄龟就会寻找凉爽之处，伏暑纳凉并停止摄食。水温的急剧变化对鳄龟的正常生活非常不利。实践表明，鳄龟一般不能忍受5 ℃ 以上的温差，否则极易造成鳄龟的死亡，幼鳄龟比成鳄龟尤为敏感。在人工控温养殖条件下，日常养殖工作如洗池换水、分池转池等操作过程中，易使水温的温差变化过大，因而要特别注意。
温室养鳄龟往往过多地强调水温的恒定性，这是否有利于鳄龟的生长还值得进一步研究。因为在自然界中，正常受温度季节变化影响的生物，比如大多数温带地区生物，在恒温条件下生理机能容易受到压抑，从而导致生命活动力降低，免疫力下降。近年来工厂化养殖鳄龟病害的日趋严重，可能与此有一定关系。
气温多变或气温与水温温差较大，对鳄龟的生长也极为不利，不少鳄龟养殖户在冬季采用土炉加温养殖，池水温度较高，而气温却未能同步上升，差异可达12 ℃ ，这种不协调的温度环境，对于用肺呼吸的鳄龟的健康养殖也极为不利。因此，人工控温时温室水温和气温的同步调温也非常重要。
