到目前为止，在人类与球虫病的战斗中，球虫仍然是胜利者。虽然人类开发了40种以上抗球虫药，但球虫凭借对外界环境的坚强抵抗力和产生抗药性的能力得以生存繁衍。球虫对外界环境的抵抗力决定了球虫难以被人类消灭；干燥可以杀死球虫卵囊，而肉鸡饲养场周围的地面不能大面积硬化，球虫可以在周围相对潮湿的土壤中生存很长时间，最长可达半年之久。球虫卵囊也很容易随鸡粪和尘土从一个饲养场到达另一个饲养场。球虫对药物产生抗药性的能力非常强，球虫的抗药性对肉鸡饲养业提出了强有力的挑战。在很多地方，肉鸡球虫病处于无法控制的状态，有时造成暴发性死亡，或者长期血便，用药好转，停药复发。有的养鸡户甚至一次投下5种抗球虫药。肉鸡饲养者花在抗球虫药上的费用多达每只鸡0.4元，平均也在每只鸡0.08元左右。山东年出栏肉鸡10亿只左右，花在球虫药的费用在0.8亿元左右。只要药物防治球虫病的方法存在，抗药性问题必然成为其核心问题。解决这一问题的策略如下：（1）进行抗药性监测。特别是一条龙式的肉鸡养殖企业，应组织专门人员测定球虫抗药性。在公司不同养殖区域采集代表性粪样，从不同地区的代表性粪样中分离球虫，接种雏鸡，在实验室中测定抗球虫药的活性即抗球虫指数（ACl），用有抗药性的粪样数除以总粪样数所得比值代表该公司全部养殖区内球虫抗药性虫株存在的普遍性。比值越大代表抗药性越普遍存在，该药的药效越差，公司的养殖效益越低。（2）将高敏药物用于生长发育快的中鸡阶段，低敏药物用于雏鸡阶段。因为雏鸡阶段采食量少，感染球虫对终末生产性能的影响就小。雏鸡阶段用低敏药物，能使鸡较早感染球虫，较早产生免疫力，保护中大鸡阶段。（3）增加轮换用药的数量，在一个比较长的周期内不断轮换用药，使每种药物使用的时间缩短，使球虫来不及产生抗药性，使每种药物被重新使用的周期变长，把对该种药物有抗药性的球虫压制到一个较低水平。肉鸡球虫病控制的另一个核心问题是免疫力问题。这个问题对兽医门诊尤为重要。很多鸡场发生球虫病用药后好转，停药复发。这说明鸡场中球虫对所用药物敏感，用药时只有一部分鸡感染较为严重，停药后这部分鸡可能产生一定的免疫力，但剩下的鸡在停药后会接着感染球虫而成为新的发病者，如此重复，直到所有鸡都具备了免疫力。实际上，在饲料中药物敏感性不高的前提下，大部分鸡舍中粪便卵囊数量在4～5周达到高峰，这代表鸡群中大部分鸡受到感染，鸡群在5周龄后就会产生较强的免疫力，对球虫感染的敏感性下降，鸡群不再表现严重的球虫病症状。在饲料中药物较为敏感的情况下，免疫力的产生会推迟，所以有的鸡群在使用不含抗球虫药的饲料时会出现球虫病。在缺乏有效的预防药物的情况下，免疫力的产生成为对付球虫病的主要手段。鸡与球虫的关系，如同古代战争中攻与守的关系，药物如同城墙，球虫凭借抗药性跨越城墙，免疫力如同守城的战士，强有力的战士可以击败攻上城墙的敌人。如果肉鸡没有产生免疫力，在任何时候都有可能出现球虫病，而且发病越晚危害越大，所以免疫力的产生越早越好。要使鸡群较早产生针对各种球虫的免疫力，使用球虫疫苗是一种最佳选择，实际上也是惟一的选择。使用球虫疫苗后，2～3周就可以产生针对各种球虫的免疫力，比自然感染产生免疫力的时间大大提前，可以对鸡群提供更好的保护作用。综上所述，轮换用药、抗药性监测和使用球虫疫苗是目前控制肉鸡球虫病的主要策略。
