由于目前大部分转基因（GM）植物及其产品被用作动物饲料，它们对动物以及食物链中的人群是否安全，就成为另一个关注的问题。
目前转基因饲料争论的热点是：①转基因作物中的外源基因是否可能引起动物和人的过敏反应。②转基因作物中的抗性基因是否会转移。③抗虫转基因作物产品中的杀虫蛋白、蛋白酶活性抑制剂和残留的抗昆虫内毒素是否会危害人和动物的健康。④抗除草剂转基因作物的推广可能导致除草剂在环境中残留量增高进而污染食品和饲料。⑤抗病毒转基因作物中导入的病毒外壳蛋白基因可能对人和动物的健康产生危害。
植物DNA不易在加工过程中被破坏，大部分DNA在90加热后仍保持完整，在青贮饲料中DNA也几乎不被降解。因而给动物饲喂含GM产品的饲料，也许会带进有害的DNA片段，这些片段会对肠道细菌及有关细胞产生一些未知的影响，引起它们遗传上的变异，或者进而产生破坏性的结果。
DNA在叶、种子中，一定高温以及青贮后仍保持完整性。动物饲料生产加工的温度约为80，最多只能部分破坏DNA。而许多情况下常常使用来加工的原料作为饲料。大多数商品化动物饲料含有大于1200hP（表示DNA的大小）的完整DNA片段，而转基因生物中使用的β一内酸胺酶抗生素抗性标记基因约1200hp大小。美国FDA明确提出DNA片段很可能会被哺乳动物细胞摄入，英国官方则指出转基因的DNA不但可通过摄食转移，而且可在食品加工和农场工作时通过接触粉尘、花粉转移。
美国研究机构的研究结果显示，目前尚未发现转基因饲料对畜禽的生长性能、健康状况及肉、蛋、奶组分产生危害影响，在肉蛋奶中也未检出转基因蛋白和转基因DNA。目前的趋势是在保障人类健康和生态环境的同时，促进而不是限制基因工程技术产品的发展。随着转基因作物的迅速发展与应用，转基因作物及其副产品将越来越多的用作饲料。
中国农业大学采用基因工程方法改良玉米品质喜获成功。在国家高技术研究发展计划和国家转基因研究与产业化专项资助下，中国农业大学以敖光明教授为首的课题组承担的“高蛋白质、高赖氨酸转基因玉米自交系和杂交组合的选育”课题，今年1月8日通过成果鉴定。
玉米是高产的粮食作物，也是主要的饲料和工业原料作物，但玉米的营养品质相对较差，蛋白质、赖氨酸含量也低。世界卫生组织提供的资料显示，由于赖氨酸含量低，玉米种子中的蛋白质只有45％～50％被人和动物利用。在我国以玉米为支柱产业的饲料工业中，玉米赖氨酸含量只占种子干重的0．27％左右，蛋白质只占种子干重的9．5％左右。因此，配、混合饲料中必须添加优质赖氨酸等饲料添加剂，才能满足畜禽生长发育的需要。长期以来，科学家希望通过常规育种方法来提高玉米种子中的赖氨酸含量。由于可重组的基因源的制约，遇到了赖氨酸和蛋白质含量不能同时提高的难题。
敖光明教授为首的课题组利用基因工程手段经过7年潜心研究，克服了常现玉米育种中存在的赖氨酸和蛋白质不能同时提高的难题，所培育的优质玉米主要性能指标已超过优质蛋白玉米，为优质玉米的培育探索了一条新途径。研究中课题组还利用转基因自交系与常现自交系配制大量杂交组合，从中筛选出了综合农艺性状优良。适合于华北地区夏播的2个杂交组合Y642和Y419，现已完成安全性评价体系中的环境释放试验，具有良好应用前景。课题组分离的高赖氨酸蛋白基因，建立的高蛋白质、高赖氨酸优质玉米的转基因技术体系，已申请国家发明专利。
该成果在国内外首次采用基因工程手段育成了18个转基因优质玉米自交系，其蛋白质含量占种子干重的132％～17．2％，赖氨酸含量占种子干重的0．38％～0．46％，并且配合力好。蛋白质的氨基酸组成上，除亮氨酸与对照自交系持平外，其它氨基酸的含量都有增加，尤其人类必需的8种氨基酸都有较大幅度提高。
专家认为，这项技术成果已形成技术和产品的储备，具有潜在的巨大经济效益和社会效益。
