发酵初乳的制作方法，可分为自然发酵和定向发酵两种。自然发酵：把新鲜混合初乳过滤后倒入塑料桶内（不宜用金属桶），及时盖上桶盖（不宜过满以防发酸后溢出），放在室内阴凉的地方，任其自然发酵。为了防止乳脂与乳清分离，每天应搅拌1次。发酵时间视气温而定，室温在10～15℃，发酵5～7天：室温15～20℃，发酵3～4天即可;室温20～25℃，发酵2天左右：室温25～30℃，发酵1天;室温30℃以上，发酵8～12小时即成。定向发酵：把新鲜混合初乳过滤后水浴加温到80℃，保持5～10分钟，然后将其冷却到40℃，倒入已消毒的塑料桶内，按5～7%的比例加入发酵剂（保加利亚乳酸杆菌和链球乳酸菌的扩大培养剂），搅匀后及时盖上桶盖，每天搅拌1次。当室温在10～15℃时，发酵2天左右即可;室温20～25℃时，发酵1天;室温25～30℃，发酵12小时;室温30～35℃，发酵4小时左右即成。发酵初乳在饲喂前应先搅拌均匀，然后取需要量加入80℃左右的水，将奶温调至38℃进行饲喂（初乳∶水=2∶1～3∶1）。个别犊牛在第一次喂给时对发酵初乳可能会不适应，可掺入一些鲜乳诱食。也可在喂前加入0.5%的碳酸氢钠中和，以改善其适口性。自制发酵初乳的注意事项：一、初乳应卫生，尽量避免污染。二、盛放初乳的容器内要有一层塑料衬里或用塑料桶装。三、发酵初乳不能用含有抗生素的初乳制作，包括患乳腺炎经抗生素治疗牛的初乳。四、发酵初乳的保存时间为2～3周，气温高时，保存时间短，宜在1～2周喂完，有异味或变质的酸乳禁止喂牛。
