对水貂病毒性肠炎，目前尚无特效疗法。抗生素和磺胺类药物只能在病的早期防止继发细菌性感染，从而死亡率。据报道，免疫血清可获得８７．５％的率。患病毒性肠炎自愈的水貂，可获得长期的免疫，但它是危险的传染源，预防本病的办法是接种疫苗。目前，我国成功研制出病毒性肠炎同源组织灭活疫苗、猫肾传代细胞灭活疫苗、肉毒梭菌三联疫苗等，已广泛推广应用，疫苗免疫期６个月，保护率９０％以上。疫苗接种时期：每年母貂配种前和子貂分窝后３周，进行两次预防接种（疫苗剂量为１毫升）。
对发病场（群），可在流行开始时立即对未发病貂进行紧急接种疫苗，以控制疫情，减少发病死亡。为防治本病的发生，除进行疫苗接种外，应严格执行兽医卫生防疫制度，严禁猫、狗和禽类入场。为了更换种兽，在入场前３０天进行病毒性肠炎疫苗接种。入场后隔离饲养１５～３０天，方可混入大群饲养。当水貂场有病毒性肠炎流行时，应停止一切串兽活动。病貂隔离饲养，对症治疗。病愈后的水貂，一律留在隔离间，一直到取皮淘汰为止。
对其余未发病水貂，全部实行疫苗紧急接种。隔离舍（棚）应由专人管理，不得乱串，对死亡的尸体及污染的垫草等，一律烧掉。对污染的用具、器皿及圈舍，要严格进行消毒。发病场的貂皮，应在室温３０～３５℃和相对湿度４０％～６０％条件下，处理４８。刚发过病（一年以内）的貂场，禁止输出种貂，养过病貂的笼舍，要用２％福尔马林或氢氧化钠溶液消毒，地面用４％氢氧化钠溶液消毒。粪便先用２～４火碱溶液或２０％漂白粉溶液处理，然后堆集在距兽场远一点的地方（２５０～３００米的地方）进行生物热发酵。从后患病水貂痊愈或死亡之日起，经３０天再无此病发生，方可宣布解除封锁。
