接种疫苗后仍发病的原因一般是接种方法不正确或时间不适宜：
疫苗使用方法不正确
近年来常用的法氏囊灭活疫苗其使用方法一般有两种：一种是混在水里通过饮水进行接种；另一种是通过滴服进行免疫接种。有些养鸡户将两种方法混为一谈，往往图省事，把本来应该滴服接种的疫苗改为饮水接种，因其使用方法不当导致免疫失败；另外，有的养鸡户虽然利用饮水接种疫苗的方法正确，但因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长（超过两以上）等，造成疫苗效价，从而影响了免疫效果。
疫苗接种的时间不适宜
据了解，有些养鸡户对购进来的雏鸡是否有母源抗体方面的知识知之甚少，并且也很不在乎；农户难以确定接种疫苗的准确时间，有相当部分养鸡户对何时进行疫苗接种带有盲目性，其免疫效果也就存在不确切的可能性。
如果接种的时间过早，则会中和雏鸡体内母源抗体，被中和的这些鸡疫苗就起不到免疫作用而还会发病；若疫苗接种的时间过晚，因雏鸡体内母源抗体低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。所以，有些养鸡户虽然对自己购来的雏鸡进行了法氏囊灭活疫苗的接种；但由于接种的时间不适宜，仍然有可能会发生传染性法氏囊病。
