球虫病是一种对家禽肠道有损害的寄生虫病。鸡球虫病在美国许多商业化家禽养殖者所惧怕的一种疾病。死亡损失在20％以上是很普遍的现象。“后院”家禽饲养量通常很少，所以鸡球虫病不是一个问题，但是随着自由散养家禽数量的增加，鸡球虫病已经变成一个很大的威胁了。
在用药物防治球虫方面
自1939年使用氨苯磺胺以来，用于预防和治疗的药物曾达50余种，后因毒副作用或疗效不佳的原因陆续淘汰。多年来，人们在防治实践中根据球虫的生活史和药物的作用峰期，总结了像早期投药、轮换用药、穿梭用药、连续用药、渐减用药、联合用药等多种给药方法，虽然控制了局部鸡场或地区的某一时间段的病势发展，但本病仍从整体上顽固地、严重地威胁着养殖业，所造成的损失巨大。其中一个主要原因是球虫卵对环境消杀具有强大的抵抗力，众多的消毒药奈何不了球虫卵囊。他对低温也有一定的抵抗力，冰冻卵囊在繁殖一代后便恢复了致病力。在土壤中可保持活力达4～9个月，有树荫遮蔽的可达15～18个月。
让药物防治显得迟滞的另一个原因是球虫的耐药性。由于抗球虫药使用剂量大，面积广，应用时间长，致使球虫对几乎所有的球虫药都产生了耐药性，且表现为多重耐药、交叉耐药。球虫的耐药特点是世代遗传还倍量相关，也就是说，上一代比如说用常量可以防治发病，到下一代时则必须用比这个常量要大的量才能防治住发病，这就使得抗球虫用药势必一再倍量使用才能。
用药物防治还有操作不当的误区
这主要有盲目用药、迟误用药、超剂量用药、不足量用药、不交替轮换用药等。其中盲目和迟误所造成的损失。在球虫发育史的早期阶段抑杀的期是4天，也就是说，必须要在这4天内用药才是的，而发病后再用药，只能保护未出现症状或尚为感染的鸡。已经重症感染的鸡，此时用药也不灵。
药物防治鸡球虫病的另一个问题是，有些药物会导致肠道菌群失调，干扰维生素的体内合成，进而影响增重。
在应用疫苗防治球虫方面
目前的推广面积不算大，效果不很理想。国内研制的球虫疫苗有弱毒株、强毒株之分，早熟、中熟、晚熟系和联合苗之分，使用上有喷料、饮水和喷洒垫料之分。多在2～5日龄应用。研究表明，球虫发育的每一个阶段，都至少有40个以上的主要抗原存在，其中只有15%具有免疫原性，而这15%的原性中，还很难确定哪些原性具有免疫保护作用。这就告诉我们，用球虫疫苗免疫，不论单苗还是联苗使用，都只能是部分地获得免疫保护。
此外，这种活卵囊疫苗还会引起环境中球虫卵囊数量及原有球虫种群的生态变化，有时甚至是"引狼入室"的变化。既把原本发病厉害的球虫抑制住了，却引发另一种虫株的泛滥。有些疫苗接种后，副作用大，反应剧烈，会引起便血，这要在免疫后10～13天用常规药物连投2～3天，以便控制发病，这是很麻烦的事。
从使用效果看，喷雾免疫较饮水要好，从苗株作用看，鸡胚传代致弱虫株或早熟选育的致弱株比其他株更好。喷雾免疫多按10%～15%的水料比，要求凉开水，不含消毒剂和抗球虫药物。均匀喷洒垫料或饲料表面，反复混匀再喷洒5～6次。其作用机理是，鸡通过采食饲料或啄食垫料，食入球虫孢子，经自身轻微感染3～4代（周期）后，建立免疫机制。一般一代（周期）为7天，（在鸡的肠道6天，体外1天）。比较来说，喷洒垫料较之饲料更能建立完整的免疫，这是因为，鸡对垫料的啄食更符合确保球虫免疫的三条件：既均匀接种、重复感染、二免三免。
要注意的事项是，活苗的保存温度应在2～8℃，稀释时在20℃左右。接种一周内不用抗球虫药，三周内不用强力霉素类药物，以免干扰免疫的建立。免疫的日龄，在3天左右，不要超过7天，二免要与首免间隔7天以上，二免剂量为首免的1∕5羽份或用旧垫料均匀翻撒开，这可以防止免疫的失败和过度。要注意观察鸡群的粪便，一般在免疫5～7天后鸡开始排出虫卵，7～10天粪便变黑或呈褐色稀便、淡红色软便。这说明免疫成功了。免疫后的垫料管理至关重要，垫料过干，球虫卵囊不能孢子化或孢子化太慢，鸡群啄食不易得到反复免疫；垫料太湿，卵囊孢子化的数量太多，易使免疫力尚未建立的鸡群发病。这在扩群和迁群时尤要注意。
在环境管理方面
加强饲养管理，饲养密度要适宜；饲料和饮水要清洁，营养要全面；粪便、污物要及时清除，防止对水料、场地环境的污染，水槽、饮水器要坚持每天用消毒液或高锰酸钾液冲洗一次，每天清粪一次，地面用3%的火碱水喷洒一次；注意通风换气，肉鸡无论笼养、地养、网养通风换气尤为重要，特别是冬季暴发鸡球虫病往往是大部分农户只注重保暖引起的，要利用好鸡舍天窗，及时排出氨气、硫化氢气体，保持舍内干燥，减少鸡球虫病的发生
